A Fapes obteve o reconhecimento do STJ de que houve recolhimento indevido do IOF no período de 25 de janeiro a 28 de maio de 1999. A ação, já transitada em julgado, restitui à fundação o valor de R$ 928 mil. Com a atualização pela taxa de juros Selic, o valor total ficará próximo à R$ 3 milhões.

O STJ considerou a argumentação da defesa da Fapes baseada na imunidade em relação às operações financeiras realizadas após 16 de maio de 1990.